Selanjutnya, sejak tahun 1999 Indonesia telah memiliki Undang- Undang tentang Hak Asasi Manusia yang tertuang di dalam Undang- Undang Nomor 39 Tahun 1999, Hak Asasi Manusia didefinisikan sebagai seperangkat hak yang melekat pada hakikat dan keberadaan manusia sebagai makhluk Tuhan Yang Maha Esa serta merupakan anugerah-Nya yang wajib dihormati, dijunjung tinggi dan dijunjung oleh negara, hukum, pemerintah dan juga setiap orang demi kehormatan serta perlindungan harkat martabat manusia.
Mendasarkan pada hal demikian, Hak Asasi Manusia (HAM) dapat dimaknai sebagai hak-hak dasar yang dimiliki manusia yang dibawanya sejak lahir berkaitan dengan martabat dan harkatnya sebagai ciptaan Tuhan Yang Maha Esa yang tidak boleh dilanggar, dilenyapkan oleh siapa pun juga.
Berkaitan dengan hal itu, bangsa Indonesia sebagai anggota Perserikatan Bangsa-Bangsa mengemban tanggung jawab moral dan hukum untuk menjunjung tinggi dan melaksanakan Deklarasi Universal tentang Hak Asasi Manusia yang telah ditetapkan oleh Perserikatan Bangsa-Bangsa, serta berbagai instrumen internasional lainnya mengenai hak asasi manusia yang telah diterima oleh negara Republik Indonesia.
Wakil Jaksa Agung RI juga menyampaikan bahwa Kejaksaan sebagai lembaga pemerintah yang melaksanakan kekuasaan negara dibidang penuntutan, yang memiliki tugas dan kewenangan diantarnya melakukan penuntutan, melaksana kan penetapan hakim dan putusan pengadilan yang telah memperoleh kekuatan hukum tetap.
"Melakukan penyelidikan terhadap tindak pidana tertentu, serta kewenangan melekat lainnya seperti yang tertuang dalam Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2000 tentang Pengadilan Hak Asasi Manusia menyebutkan, Jaksa Agung sebagai Penyidik Tindak Pidana Pelanggaran HAM Berat," ujarnya lagi.
Bahkan fungsi penyidikan dalam perkara pelanggaran HAM Berat juga diakui secara universal dan diatur secara tegas dalam Pasal 53 ayat (1) United Nations Rome Statute of the International Criminal Court 1998 (Statuta Roma) yang menyatakan bahwa penyidik perkara pelanggaran HAM Berat adalah Jaksa, sehingga apabila kewenangan tersebut dilakukan oleh lembaga negara lain, maka Pengadilan berhak untuk menolak kasus tersebut.
Pada prinsipnya Kejaksaan adalah salah satu aktor penting dalam proses peradilan pidana. Dengan demikian, penerapan prinsip-prinsip HAM dalam proses peradilan juga menjadi hal yang sangat penting untuk dilakukan oleh Kejaksaan, khususnya dalam menjalankan kewenangan penuntutan dan pelaksanaan putusan pengadilan. Hal ini pada dasarnya sudah disebutkan dalam penjelasan umum Undang-undang Nomor 16 Tahun 2004 bahwa Kejaksaan sebagai salah satu lembaga penegak hukum dituntut untuk lebih berperan dalam penegakan Hak Asasi Manusia (HAM).
Lebih lanjut, dalam Pasal 3 huruf k Peraturan Jaksa Agung No. PER-067/A/JA/07/2007 tentang Kode Perilaku Jaksa sudah mengatur bahwa salah satu kewajiban Jaksa adalah menghormati dan melindungi HAM dan hak-hak kebebasan sebagaimana yang tertera dalam peraturan perundang-undangan dan instrumen Hak Asasi Manusia yang diterima secara universal.
